Успішна робота Фонду в першу чергу залежить від розділення відповідальностей між різними відділами. Деякі з відділів Фонду перелічені в цьому документі. З метою досягнення ефективності всі відділи тісно координують свою діяльність.

Адміністративний відділ

Адміністративний відділ під керівництвом Ради O5 здійснює загальне керівництво всіма сферами діяльності Фонду на всіх рівнях. До цього відділу входять всі ключові вузли зв'язку та командні центри, кожен з яких має дублікат. Також у відомчості Адміністративного відділу перебуває управління всіма фінансовими ресурсами Фонду, такими як: розподіл коштів, бухгалтерський облік, планування бюджету і т. д. З міркувань особливої важливості всі працюючі тут співробітники частіше піддаються перевіркам на лояльність. Окрім основних відділів, адміністративний відділ має внутрішній підрозділ, відповідальний за всі види канцелярських робіт та робіт з ділопроходження, а також за виконання архівних функцій. 

Керівник Зони (Клас-B)

Керівники Зон здійснюють управління основними установами Фонду і є найвище розташованими працівниками в регіонах їхнього розташування. Вони відповідають за неперервне безпечне функціонування своєї установи, стримання всіх знаходяться в ній аномалій, а також проведення пов'язаних з ними проектів. Керівники всіх основних місцевих служб відповідають перед керівником Зони, який, у свою чергу, відповідає перед Радою O5. У нашому випадку, керівництвом Зони займається - "Керівник Зони", який має інформацію про все, що відбувається в Зоні. Має 4 рівень доступу.

Асистент керівника Зони (Клас-С)

Особистий помічник директора, в основному займається паперовою роботою або інспекцією секторів, доступ до яких у директора відсутній з міркувань безпеки. Також може заміщати директора у періоди його відсутності. Володіє повною інформацією про всі SCP-об'єкти, які перебувають під стриманням. Має 3 рівень доступу.

Менеджер зон здержування (Клас-С)

Менеджер зони є одним з найважливіших ланок в комплексі. Він очолює обслуговуючі та постачальні відділи установи, розподіляє персонал та розглядає бюджет.

Однак, незважаючи на свою важливість, менеджер не працює безпосередньо з аномаліями та аномальними матеріалами, хоча його рівень доступу є 2, він не має доступу до інформації про SCP-об'єкти.

Через нього, проте, косвенно проходить багато документів, що описують аномалії, які перебувають під стриманням. З цієї причини він має базову інформацію про всі об'єкти в комплексі.

Відділ інженерно-технічного обслуговування

Відділ інженерно-технічного обслуговування відповідає за технічне та побутове обслуговування будь-яких установ і техніки, що використовуються в Фонді SCP. Саме ця служба займається проектуванням та будівництвом нових Зон, Секторів, Ділянок, інших споруд та внутрішніх шляхів зв'язку, а також всіма видами ремонту та обслуговування. Працівники ВІТО поділені на кілька відділів з різними рівнями доступу та призначеннями; співробітники з більш високими рівнями доступу відповідно проектують та возводять камери утримання для об'єктів класу «Кетер», а також працюють з іншими стратегічними спорудами.

Спеціаліст з здержування  (Клас-С)

Спеціалісти з здержування є першими особами, які відправляються у випадку НОУЗ з підвищеною небезпекою загострення ситуації, таких як SCP-106, SCP-244, SCP-018, SCP-096, SCP-079. Вони підготовлені та навчені для протидії цим SCP-об'єктам. Зазвичай знаходяться на території зони із засобами зв'язку на випадок першого виклику.

Також спеціалісти з утримання займаються вдосконаленням/модернізацією або ж надають допомогу у професійному технічному обслуговуванні КЗ об'єктів, на які вони спеціалізуються.

Інженер зон здержування (Клас-С)

Інженер зон здержування відповідає за ремонт та технічне обслуговування камер здержування в зонах їх розташування. Здійснює регулярний огляд камер утримання об'єктів класу Кетер і Евклід.

Володіє детальною інформацією про всі Об'єкти SCP, що перебувають на Зони. Має 3 рівень доступу.

Комітет з етики

Комітет з етики представляє собою невелику незалежну організацію, яка займається рецензуванням особливих умов утримання та перевіркою проведених експериментів на предмет зайвого чи нецільового використання ресурсів співробітниками класу D та інших ресурсів. Незважаючи на те, що багато працівників Фонду вважають існування Комітету неудачною жартівливістю, він відіграє достатньо важливу роль у житті Фонду та має великий вплив. 

Медичний відділ

Медичний відділ Фонду SCP відповідає за підтримання всіх працівників Фонду в гарному здоров'ї. Завдяки специфіці роботи Організації медикам доводиться регулярно стикатися з найважчими та часто специфічними випадками поранень, травм, інфекцій та психічних розладів, внаслідок чого в медичний відділ вербують тільки найкращих лікарів. Деякі медики Фонду після певного періоду роботи отримують ту чи іншу додаткову спеціальність, пов'язану безпосередньо з впливом певного типу, наприклад, меметичного. 

Штатний лікар (Клас-С)

Основними обов'язками штатного лікаря є надання високої рівневої медичної допомоги. Підпорядковується вказівкам головного лікаря. Володіє базовою інформацією про об'єкти, що перебувають під cтриманням на Зоні, лише для розуміння можливих причин отримання травм, має 2 рівень доступу. Також інформований щодо Амнезіаків: A, B, C.

Мобільні оперативні групи

З огляду на специфіку роботи Фонду SCP існує потреба у численних фахівцях вузького профілю. Зазвичай це стосується об'єктів SCP, які вимагають значних зусиль для успішного стримування, а також нестандартного підходу. Для цих та інших цілей формуються Мобільні оперативні групи. Мобільні оперативні групи – це невеликі загони (зазвичай від десяти до тридцяти осіб, хоча існують групи із значно більшою кількістю оперативників), які спеціалізуються на виконанні конкретних завдань або вирішенні особливих ситуацій. Кожній групі присвоюється унікальна комбінація букви грецького алфавіту та номера, але можуть використовуватися також уточнюючі префікси. На даний момент у Фонді SCP налічується ███ мобільних опергруп.

Науковий відділ

Ефективна робота наукового відділу є кулінарним каменем діяльності Фонду SCP. Науковий відділ займається дослідженням всіх зберігаючихся та надходячих на зберігання об'єктів SCP, розробкою заходів протидії та нейтралізації у випадку порушень умов зберігання, а також створює різне обладнання, пристрої, препарати та багато іншого для самої Організації, після чого всі ці розробки передаються виробничому відділу. В Науковому відділі відбирають тільки найвидатніших вчених з найрізноманітніших галузей науки.

Керівник Наукового Відділу (Клас-В)

Обов'язки керівника наукового відділу включають контроль за ефективною, продуктивною та безпечною роботою наукового відділу зони, яку він координує. Керівнику наукового відділу дозволено відвідувати зони здержування, проте категорично заборонено наближатися до камер здержування аномалій. Також прямий контакт з аномаліями будь-якого класу строго заборонений і може бути схвалений лише керівником відділу безпеки або директором Зони.

Має інформацію про аномалії класу Безпечний, Евклід та Кетер, які перебувають у комплексі. Має 4 рівень доступу.

Старший Науковий Співробітник (Клас-С)

Старший науковий співробітник є вищим ланком в ієрархії наукового персоналу. Керує прикріпленими до його групи науковими співробітниками, розподіляючи їхню роботу над об'єктом, до якого вони класифіковані. Також старших наукових дослідників призначають на курировання певного об'єкта, який знаходиться в зоні. Зазвичай перебуває в офісній зоні та має право вільно переміщатися по всьому комплексу, якщо це є необхідним. Має 3 рівень доступу та усвідомлений про всі SCP-об'єкти класу Безпечний, Евклід і Кетер на Зоні.

Науковий Співробітник (Клас-С)

Наукові співробітники, чи "████████ в білих халатах", як нас назвав колишній D-33██, який на той момент був живий. Це основний персонал комплексу, головною метою якого є вивчення аномалій та всього, що з ними пов'язано. Володіють інформацією про SCP-об'єкти класу Безпечний і Евклід, при цьому маючи 2 рівень доступу. При виникненні критичної ситуації або при підтвердженні одного з сценаріїв повинні бути евакуйовані, як і інший персонал.

Асистент-лаборант (Клас-С)

Це працівники на іспитувальному терміні, які, як правило, призначаються на період перевірки відданості або перевірки участі в якій-небудь ГОІ. Вони не мають доступу до будь-яких об'єктів, що перебувають на Зоні, маючи 1 рівень доступу. Кожен асистент-лаборант має свого куратора - наукового співробітника на час іспитового терміну. У зв'язку з цим переміщення по зонам можливе лише з куратором або після повідомлення його. (Куратор несе відповідальність за лаборанта, до якого він призначений).

Відділ Зовнішніх Зв'язків (ВВЗ)

В обов'язки відділу зовнішніх зв'язків входить найширший спектр завдань: дезінформація, знищення слідів активності об'єктів SCP та самої Організації, набір особового складу класу D, а також вербування працівників у громадських та військових установах. Саме ОВЗ займається розробкою прикриттів для агентів та установ Фонду, що знаходяться в густонаселених регіонах. ОВЗ є свого роду першою лінією оборони Фонду, оскільки саме відділ зовнішніх зв'язків фільтрує всіх нових працівників та несе відповідальність за якість вербованого персоналу, виконуючи функції відділу кадрів. 

Відділ Внутрішньої Безпеки (ВВБ)

ВВБ є глибоко конспірованою "організацією в Організації", аналогом таємної поліції, і відповідає за виявлення зрадників серед працівників Фонду, а також легковажких та інших ненадійних осіб. В відділі створена строга ієрархія співробітників, що забезпечує кілька етапів перевірки підозрюваних. Особи, які рекрутуються для роботи в ВВБ, повинні мати блискучий трудовий стаж і працювати в Фонді не менше року. Зазвичай кожен рекрутований працівник залишається на своєму "білому" робочому місці, щоб тримати команду в курсі подій, що відбуваються в тому чи іншому підрозділі. Саме існування ВВБ зазвичай представляється як вигадка. "Легальною" стороною діяльності відділу внутрішньої безпеки є слідча робота та вибивання показань у полонених членів ворожих групувань, однак у конспіративних цілях ця частина ВВБ офіційно відноситься до служби безпеки. 

Відділ виробництва

Відділ виробництва відповідає за задоволення будь-яких матеріальних потреб, які можуть виникнути під час захоплення чи утримання об'єктів, або виконання інших поставлених завдань. У відділі виробництва належить кілька Зон та Дільниць, повністю спрямованих на виготовлення штучних і серійних виробів широкого профілю. Проектування та виготовлення виробів здійснюється на місці, з метою безпеки і забезпечення конфіденційності персонал ніколи не залишає промислові Зони, креслення і схеми також не покидають їх меж. Зазвичай подібні об'єкти обладнані сучасним устаткуванням і добре охороняються.

Відділ безпеки

Цей відділ відповідає за забезпечення безпеки та захисту всіх установ та об'єктів Фонду, незалежно від їх пріоритету. Працівники ВБ навчені протидіяти випадкам порушення умов зберігання, вторгнень, саботажу, стихійних лих та інших надзвичайних ситуацій. Зазвичай працівники відділу безпеки спочатку проходить загальну підготовку, після чого отримує призначення на той чи інший об'єкт або Зону. На місці він вже проходить спеціальний курс навчання взаємодії з конкретним об'єктом/об'єктами. 

Керівник відділу безпеки (Клас-В)

Керівник відділу безпеки є найвищим керівником в структурі відділу безпеки на Зоні. До його обов'язків входить організація операцій та процедур забезпечення безпеки в зоні, складання патрулів, допуск експериментів до проведення, якщо всі умови безпеки були дотримані.

У випадку надзвичайних ситуацій керівник ВБ бере на себе всі сфери управління комплексом, організовує евакуацію, направляє МОГ та інші рятувальні групи. Володіє інформацією про все, що відбувається в комплексі, а також має 4 рівень доступу.

Капітан відділу безпеки (Клас-С)

Капітан відділу безпеки є керівником загонів відділу безпеки під час різних змін. До його обов'язків входить керівництво своїм загоном, розподіл бійців по постах, формування груп та призначення командирів у групах. Під час зміни на посту перебуває 1 командувач відділу безпеки, щоб розподілити бійців за їхніми завданнями. Капітани повинні повідомляти Керівнику ВБ у разі серйозних надзвичайних ситуацій (НОУЗ, вторгнення і т.д.), якщо він перебуває на зміні.

У надзвичайних ситуаціях, коли Керівник ВБ відсутній, Капітан ВБ бере на себе всі сфери управління комплексом, організовує евакуацію, направляє МОГ та інші рятувальні групи. Володіє інформацією про всі SCP-об'єкти, що перебувають на Зоні, і має 3 рівень доступу.

Лейтенант відділу безпеки (Клас-С) 

До обов'язків Лейтенанта ВБ входить спостереження за дотриманням норм безпеки серед персоналу комплексу. Також лейтенант забезпечує виконання вказівок капітана ВБ або у випадку відсутності капітана, лейтенант виконує його обов'язки. 

Лейтенанти володіють повною інформацією про всі Об'єкти, які знаходяться в комплексі. Мають 3 рівень доступу.

Сержант відділу безпеки (Клас-С) 

До обов'язків Сержанта ВБ входить спостереження за дотриманням норм безпеки серед персоналу комплексу. Контроль забезпечення безпеки під час проведення експериментів та інших процедур, що включають в себе SCP-об'єкти або інші аномальні матеріали. Також Сержант забезпечує виконання вказівок капітана ВБ або виконання тимчасових обов'язків капітана в його відсутності. 

Під управлінням Сержанта може знаходитися до 6 співробітників ВБ. Сержанти володіють детальною інформацією про всі Об'єкти, які знаходяться в комплексі. Мають 3 рівень доступу.

Капрал відділу безпеки (Клас-С)

До обов'язків капрала ВБ входить патрулювання локацій середньої та високої секретності, супровід персоналу. Бере безпосередню участь у забезпеченні безпеки під час проведення процедур, що включають SCP-об'єкти та інші аномальні матеріали. Капралам відома детальна інформація про Об'єкти класу Безпечний і Евклід. Про Кетери вони знають лише коротку інформацію, необхідну для протидії їм.

Мають 2 рівень доступу і знаходяться під командуванням сержантів, капітана його зміни та керівника ВБ.

Рядовий відділу безпеки (Клас-С)

Звання рядового відділу безпеки є тимчасовим, і видається лише на період іспитового терміну служби; після успішного пройдення іспитового терміну призначається в звання капрал. До обов'язків рядового ВБ, зазвичай, входить патрулювання локацій низької секретності та супровід персоналу, включаючи рядових.

Мають 2 рівень доступу та лише базову інформацію для протидії SCP-об'єктам класу Евклід. Знаходяться під керівництвом сержантів, капітана його зміни та керівника ВБ.

Відділ логістики

Відділ логістики відповідає за переведення природних, фінансових і людських ресурсів між установами Фонду. Транспортування здійснюється за допомогою автомобільного, водного, залізничного, повітряного, космічного та інших видів транспорту. Існує складна система встановлення пріоритетів та класів важливості, яка використовується при розподілі тих чи інших ресурсів; найвищий пріоритет, як правило, надається транспортованим об'єктам SCP будь-якого класу та ресурсам, необхідним для їх утримання. Будь-які виникаючі перешкоди під час виконання поставок ліквідуються в першу чергу. 

Агентство розвідки

Агенство розвідки Фонду SCP займається пошуком, відстеженням та захопленням об'єктів SCP, які не знаходяться під зберіганням, а також спостереженням за діяльністю ворожо налаштованих організацій відносно Фонду. Законспіровані агентські комірки розміщені в кожному більш-менш значущому населеному пункті планети і маскуються під громадянські об'єкти та установи, іноді в цьому якості використовуються різні фірми-прикриття. Зазвичай агентів набирають зі силових структур і спецслужб розвинених країн світу. 

Відділ внутрішнього Трибуналу (ВВТ)

Відділ внутрішнього трибуналу Фонду SCP є постійно діючим судовим органом Організації. Згідно з поданням ВВБ цей підрозділ розглядає діяльність працівників Фонду та третіх осіб, яка підпадає під характеристику забороненою Правовим кодексом Відділу внутрішнього Трибуналу, що включає наступні розділи: "I-Злочини проти організації", "II-Злочини проти людства та нормальності", "III-Важкі дисциплінарні порушення", "IV-Підготовка до реалізації події класу "К", "V-Державні та корпоративні злочини", "VI-Інші злочини". За всіма розділами, за винятком п'ятого (судочинство за яким здійснює ГОК), Трибунал має право призначити покарання різного ступеня тяжкості. Будь-яке рішення Трибуналу може бути скасовано Радою О5.